武藏野市內有吉祥寺、三鷹、武藏境JR中央線3個車站，此外，從吉祥寺車站可以連接到京王電鐵井之頭線，從三鷹車站可以乘坐JR總武線、東京METRO東西線，在武藏境車站可以連接西武多摩川線，這裡鐵道網極為發達，具有交通便利的區位優勢。

此外，在市內運營著MU巴士、關東巴士、小田急巴士、京王巴士、西武巴士等各種線路的公交路線，武藏野市幾乎全部區域都可以被巴士路線覆蓋。